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2024年5月1日发(作者：layui框架怎么进不去了)
二、BLAST 在生物上的含义
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库
中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。
BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。如果您想进一步了解
BLAST算法，您可以参考NCBI的BLAST Course ，该页有BLAST算法的介绍。
BLAST的功能
BLAST对一条或多条序列(可以是任何形式的序列)在一个或多个核酸或蛋白序列库中
进行比对。BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列。
BLAST是基于Altschul等人在上发表的方法
(.215:403-410(1990)),在序列数据库中对查询序列进行同源性比对工作。从最初
的BLAST发展到现在NCBI提供的BLAST2.0,已将有缺口的比对 序列也考虑在内了。
BLAST可处理任何数量的序列,包括蛋白序列和核算序列;也可选择多个数据库但数据库必
须是同一类型的,即要么都是蛋白数据库要么都是核酸数据库。所查询的序列和调用的数据
库则可 以是任何形式的组合,既可以是核酸序列到蛋白库中作查询,也可以是蛋白序列到蛋
白库中作查询,反之亦然。
GCG及EMBOSS等软件包中包含有五种BLAST：
1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同
每条所查序列作一对一的序列比对。
2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条
核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。
3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所
查序列作一对一地核酸序列比对。
4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核
酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。
5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查
的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产
生36种比对阵列。由于这种比对? 母丛有裕?虼薚BLASTX在比对中对缺口不予以考虑。
通常根据查询序列的类型（蛋白或核酸）来决定选用何种BLAST。假如是作核酸－核
酸查询，有两种BLAST供选择，通常默认为BLASTN。如要用TBLASTX也可，但记住此
时不考虑缺口。
BLAST适用于本地查询。可以下载公共数据库，对于该数据库的更新和维护是必不可
少的。如果要直接到网上查询也可以（即ＮetＢlast），但记住如果你认为自己的序列很有
价值的话，还是谨慎为宜。
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