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2024年5月1日发(作者：安装oracle需要jdk吗)
Primer-BLAST：NCBI的引物设计和特异性检验工具
Primer-Blast介绍
Primer-BLAST，在线设计用于聚合酶链反应（PCR）的特异性寡核苷酸引物。
Primer-BLAST可以直接从Blast主页（/）找到，或是直接
用下面的链接进入：
/tools/primer-blast/
这个工具整合了目前流行的Primer3软件，再加上NCBI的Blast进行引物特异性的
验证。Primer-BLAST免除了用另一个站点或工具设计引物的步骤，设计好的引物程序直
接用Blast进行引物特异性验证。并且，Primer-BLAST能设计出只扩增某一特定剪接变异
体基因的引物–an important feature for PCR protocols measuring tissue specific
expression（注：没办法准确的翻译，只好作罢，汗！）。Primer-BLAST有许多改进的功
能，这样在选择引物方面比单个的用Primer3和NCBI BLAST更加准确。
Primer-BLAST的输入
Primer-BLAST界面包括了Primer3和BLAST的功能。提交的界面主要包括三个部分：
target template（模板区）, the primers（引物区）, 和specificity check（特异性验证
区）。跟其它的BLAST一样，点击底部的“Advanced parameters”有更多的参数设置。
模板（Template）
在“PCR Template”下面的文本框，输入目标模板的序列，FASTA格式或直接用
Accession Number。如果你在这里输入了序列，是用于引物的设计。Primer-BLAST就
会根据你输入的序列设计特异性引物，并且在目标数据库（在specificity check区选择）
是唯一的。
引物（Primers）
如果你已经设计好了引物，要拿来验证引物的好坏。可以在Primer Parameters区填
入你的一条或一对引物。并且选择好验证的目标数据库（在specificity check区选择）。
根据需要可设置产物的大小，Tm值等。
特异性（Specificity）
在specificity check区，选择设计引物或验证引物时的目标数据库和物种。这一步是
比较重要的。这里提供了4种数据库：RefSeq mRNA, Genome (selected reference
assemblies), Genome (all chromosomes), and nr (the standard non-redundant
database)。前两个数据库是经过专家注释的数据，这样可以给出更准确的结果。特别是，
当你用NCBI的参考序列作为模板和参考序列数据库作为标准来设计引物时，
Primer-BLAST可以设计出只扩增某一特定剪接变异体基因的特异引物。selected
reference assemblies 包括以下的物种： human, chimpanzee, mouse, rat, cow, dog,
chicken, zebrafish, fruit fly, honeybee, Arabidopsis, 和 rice。Nr数据库覆盖NCBI所
有的物种。
实例分析
用人尿嘧啶DNA糖基化酶(uracil-DNA glycosylase genes, UNG, GeneID: 7374)
的两个转录本序列作为一个例子来分析。UNG1的序列长一点（NM_003362），UNG2的
序列短一点（NM_080911，注：拿这两个基因的序列ClustalW一下就可以了）。这里用
UNG2的序列设计引物，选择RefSeq mRNA database，物种是Human，其它默认。结
果如下图A-B所示，设计的引物只能扩增出UNG2。看上面的图，把“Allow primer to
amplify mRNA splice variants”这个选项给勾上，出现的结果如下图-C所示，新的引物
也可以扩增出UNG1（注：我试了一下，不能得到预期的结果，可能参数没设对）。
Figure. Primer-BLAST results for UNG transcript variant 2. The NCBI Reference
sequence NM_080911 was used as a template. Top panel: Primers specific to the
single splice variant are reported by default with the mRNA RefSeq database
limited to human sequences. Bottom panel: Primers that amplify both splice
variants are found with the option to allow splice variants.(点击看大图)
一些Tips
1，在任何时候都要优先使用参考序列的Gi号或Accession 号（尽量不要Fasta格式
的序列）。另外，确保你的序列是最新版本的（在填Accession Number时后面不加版本
号就会自动拿最新的序列）
2，就算你对整个序列的某部分感兴趣（如某条染色体上的某个区域），你也应该优化
使用Gi号或Accession 号（Primer-BLAST有参数可以设置设计引物的范
围，”Form-To”，如上面的第一幅图所示）。因为用Gi号或Accession 号，NCBI会自
动读取该序列的一些注释数据，对引物的设计更加有利。
3，尽量使用没有冗除的数据库（如refseq_rna 或 genome database），nr数据库
包括了太多的冗除的序列，会干扰引物的设计。
4，请指定一个或几个PCR扩增的目标物种。如果不指定在所有的物种搜索，将会使
程序变得很慢，引物的结果也会受其它不相关的物种影响。
参考文献
1. Steve Rozen and Helen J. Skaletsky (2000) Primer3 on the WWW for general
users and for biologist programmers. In: Krawetz S, Misener S (eds) Bioinformatics
Methods and Protocols: Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, NJ,
pp 365-386.
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