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今天给各位老铁们分享一篇于2024年03月05号发表在 Alexandria Engineering Journal [6.8] 的文章："TFCP2L1 as a potential diagnostic gene biomarker of Keloid given its association with immune cells-a study based on machine learning and RNA sequence“，鉴于 TFCP2L1 与免疫细胞的关联，TFCP2L1 作为瘢痕疙瘩潜在的诊断基因生物标志物。
DOI:10.1016/j.aej.2024.02.043
| 摘要
背景：瘢痕疙瘩代表一种特定类型的皮肤肿瘤，延迟治疗极大地增加了复发的风险。本研究旨在识别早期瘢痕疙瘩诊断的关键基因，并比较瘢痕疙瘩皮肤（KLS）与瘢痕疙瘩邻近非病变皮肤（KNL）之间的免疫细胞浸润差异。
方法与结果：利用两个 GEO 数据集，包括 KLS（n=8）和 KNL（n=6）样本，鉴定出 564 个差异表达基因（DEGs）。这些基因显著富集于炎症和纤维化相关途径。进一步，通过 LASSO 和 SVM-RFE 算法的交集，作者发现基因 TFCP2L1 在 KLS 与 KNL 比较时表现下调。为了辅助预后和识别潜在的免疫治疗靶点，作者还使用 CIBERSORT 算法评估了免疫细胞的相对比例。在KNL样本中，滤泡型辅助T细胞、激活的 NK 细胞和激活的树突细胞比例增加。相反，M1 型巨噬细胞在 KLS 样本中增加。另外，TFCP2L1与激活的 NK 细胞和激活的树突细胞呈正相关，而与 M1 型巨噬细胞呈负相关。最后，作者在 6 个自测 RNA-seq 数据上进行了验证。
结论：本研究突出了 TFCP2L1 和免疫细胞浸润的交互作用，并表明其可作为瘢痕疙瘩的潜在诊断生物标志物。
▲ 工作流程示意图。
| 主要结果
▲ 图1：使用合并数据集（GSE92566和GSE158395）挖掘 KLS 和 KNL 中的差异表达基因（DEGs）。(A) DEG热图可视化，颜色突出显示了组织样本中基因表达的变化。(B) 由 logFC 变化和P调整值形成的火山图可视化。表达增加的基因以红点符号表示，非显著的以黑色表示，表达减少的基因以绿色表示。(C) DEGs 蛋白相互作用。(D) 使用度算法展示交互网络中的前50个主要基因。
▲ 图2：来自合并数据集的 KLS 和 KNL 的 DEGs 的功能分析。(A) 以散点格式显示 DEGs 在 GO 术语富集中的前30名。(B) DEGs 在 KEGG 通路富集分析中的前30名的可视化。(C) 以 p 值颜色分级显示DEGs在DO富集中的前30名。(D) 特定于 KNL 样本的GSEA分析结果。(E) 特定于 KLS 样本的GSEA结果。
▲ 图3：机器学习筛选诊断基因。(A) 通过LASSO回归方法检测到 12 个潜在标记基因。(B) 使用SVM-RFE方法揭示40个标记。(C) 韦恩图突出显示了LASSO和SVM-RFE 都发现的重叠诊断标记。(D) 合并数据集 TFCP2L1基因的表达差异。(E) GSE44270 验证集比较瘢痕疙瘩和邻近健康组织的成纤维细胞中 TFCP2L1 的表达差异。(F) 合并数据集 TFCP2L1 ROC诊断曲线，展现出1的曲线下面积。(G) 验证集中 TFCP2L1 诊断潜力的 ROC 评估。以上分析当P < 0.05时标记为显著，下同。
▲ 图4：合并数据集的免疫浸润分析。(A) KLS 和 KNL 样本中免疫细胞比例的分布。(B) KLS 和 KNL 样本中各种免疫细胞比例的差异热图。(C) KLS和 KNL 中免疫细胞相关性矩阵。(D) 以小提琴图表示合并数据集中 KLS 和 KNL 两组的免疫细胞存在的差异
▲ 图5：合并数据集中 TFCP2L 表达与免疫细胞浸润的相关性。(A-E) TFCP2L 与各类免疫细胞浸润的相关性散点图。(F) 以棒棒糖图表示 TFCP2L1 表达与免疫细胞浸润的关系。
▲ 图6：自测 RNA 数据的分析。(A) 可视化 TFCP2L1 相关的转录因子及其互作。（B-F）A 图中所示分子在自测数据中的表达差异。（G）TFCP2L1 在自测数据的 ROC诊断曲线。
▲ 图7：自测 RNA 数据 KLS 和 KNL 的 DEG 功能富集分析。
▲ 图7：自测 RNA 数据的免疫浸润分析。
一共才 20 个样本不到
RNA-seq 现在上机成本一个样300
价格是真打下来了
不过这篇文章主要还是胜在投稿
够偏
你敢试试水吗
版权声明：本文标题：6+ top 非肿瘤机器学习！这篇文章主要胜在选刊..... 内容由网友自发贡献，该文观点仅代表作者本人， 转载请联系作者并注明出处：http://roclinux.cn/b/1738260240a1952525.html， 本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌抄袭侵权/违法违规的内容，一经查实，本站将立刻删除。
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