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Vol.41No.5May2021
上海交通大学学报(医学版)
JOURNALOFSHANGHAIJIAOTONGUNIVERSITY(MEDICALSCIENCE)
571
论著·基础研究
生物信息学方法筛选胰腺癌进展相关的核心基因
杨鹿笛
1
,王高明
1
,胡仁豪
2
,蒋小华
2
,崔然
2
1.上海交通大学医学院附属瑞金临床医学院,上海200025;2.同济大学附属东方医院普外科,上海200120
[摘要]目的·
筛选胰腺癌进展相关的核心基因和关键通路。
方法·
通过GEO(GeneExpressionOmnibus)数据库检索筛选得到包含
45例胰腺癌组织和45例癌旁正常组织的基因芯片数据集GSE28735。采用GEO2R在线分析工具提取癌组织及癌旁正常组织的基因,
联合RStudio软件筛选差异表达基因(differentiallyexpressedgenes,DEGs)并对其进行可视化处理。通过基因功能注释在线工具
DAVID对差异表达显著的基因进行基因本体(geneontology,GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KyotoEncyclopediaof
GenesandGenomes,KEGG)通路富集分析。利用交互基因检索工具STRING及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-
proteininteraction,PPI)网络,结合节点度值进一步筛选核心基因。通过基因表达谱分析数据库GEPIA对179例胰腺癌中核心基因的
表达水平与患者总生存期(overallsurvival,OS)、无病生存期(diseasefreesurvival,DFS)及肿瘤分期的关系进行分析。
结果·
从
GSE28735芯片中筛选得到131个DEGs,其中表达上调的基因115个,表达下调的基因16个。GO功能富集分析显示DEGs主要在细胞
黏附、质膜、蛋白质结合方面富集。KEGG通路富集提示磷脂酰肌醇-3激酶(phosphatidylinositol3-kinase,PI3K)/蛋白激酶B
(proteinkinaseB,AKT)是DEGs富集的主要信号通路。通过PPI网络筛选得到5个核心基因,分别为纤维连接蛋白1(fibronectin1,
FN1)、间质表皮转化因子(mesenchymaltoepithelialtransitionfactor,MET)、层粘连蛋白β3(polyclonalantibodytolamininβ3,
LAMB3)、层粘连蛋白α3(lamininsubunitα3,LAMA3)、整合素亚单位α3(integrinsubunitα3,ITGA3)。MET
、
LAMA3
、
LAMB3和
ITGA3的表达水平均与胰腺癌患者OS有关,仅MET、LAMB3和ITGA3的表达水平与胰腺癌患者DFS有关,且基因低表达组的预后明
显优于基因高表达组。FN1、MET、LAMA3和LAMB3的表达水平在不同分期胰腺癌组织中的差异存在统计学意义。
结论·
胰腺癌中
异常表达的FN1、MET、LAMB3、LAMA3、ITGA3与细胞黏附、质膜组分、蛋白质结合功能的改变和PI3K/AKT通路相关,MET和
LAMB3的表达升高可能预示胰腺癌患者的不良预后。
[关键词]
胰腺癌;生物信息学;差异表达基因;肿瘤发生
[DOI]
10.3969/.1674-8115.2021.05.003
[中图分类号]
R735.9
[文献标志码]
A
Identificationofcoregenesinpancreaticcancerprogressionbybioinformaticsanalysis
YANGLu-di
1
,WANGGao-ming
1
,HURen-hao
2
,JIANGXiao-hua
2
,CUIRan
2
CollegeofClinicalMedicine,ShanghaiJiaoTongUniversitySchoolofMedicine,Shanghai200025,China;mentofGeneralSurgery,EastHospital
AffiliatedTongjiUniversity,Shanghai200120,China
[Abstract]Objective·Toss·ThedatasetGSE28735forpancreatic
cancerwasobtainedbysearchingandscreeningintheGeneExpressionOmnibus(GEO)n45casesofcancertissuesand45casesof
normaltissuesadjacenttocancerwereextractedbyGEO2RandcombinedwithRStudiotoscreenandvisualizedifferentiallyexpressedgenes(DEGs).
Geneswithsignificantdifferentialexpressionwereanalyzedbygeneontology(GO)functionenrichmentandKyotoEncyclopediaofGenesandGenomes
(KEGG)pathwayenrichmentanatein-proteininteraction(PPI)network
wasconstructedbyusingtheinteractivegeneretrievaltool,STRINGandCytoscape,
relationshipbetweentheexpressionlevelsofcoregenesandoverallsurvival(OS),disease-freesurvival(DFS)andtumorstageof179casesofpatients
s·Atotalof131DEGswerescreenedfromthedatasetGSE28735,
tionenrichmentanalysisshowedthatDEGsweremainlyenrichedincell
adhesion,plasmamembrane,thwayenrichmentsuggestedthatphosphatidylinositol3-kinase(PI3K)/proteinkinaseB
(AKT)regenes,fibronectin1(FN1),mesenchymaltoepithelialtransitionfactor(MET),
polyclonalantibodytolamininβ3(LAMB3),lamininsubunitα3(LAMA3),andintegrinsubunitα3(ITGA3),wereobtainedthroughPPInetwork
ressionlevelsofMET,LAMA3,LAMB3andITGA3wereassociatedwithOSofpatients,andtheexpressionlevelsofMET,LAMB3and
gnosisoflowgeneexpress
weresignificantdifferencesintheexpressionlevelsofFN1,MET,sion·The
abnormalexpressionofFN1,MET,LAMB3,LAMA3andITGA3isrelatedtothechangesofcelladhesion,plasmamembranecomponent,proteinbinding
functionandPI3K/reasedexpressionofMETandLAMB3maypredictpoorprognosisofpatientswithpancreaticcancer.
[Keywords]pancreaticcancer;bioinformatics;differentiallyexpressedgene;tumorigenesis
[基金项目]上海市卫生健康委员会科研课题(20204Y0302)。
[作者简介]杨鹿笛(1997—),女,博士生;电子信箱:*****************.cn。
[通信作者]崔然,电子信箱:*******************.cn。
[FundingInformation]ResearchProjectofShanghaiMunicipalHealthCommission(20204Y0302).
[CorrespondingAuthor]CUIRan,E-mail:*******************.cn.
[网络首发]/kcms/detail/(2021-04-3010:36:57)。
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上海交通大学学报(医学版)
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胰腺癌是一种顽固性恶性肿瘤,恶性程度较高。根
据2018年全球肿瘤流行病统计数据
[1]
,胰腺癌位列常见
癌症排名第11位,2018年有458918个新病例,432242
人因胰腺癌死亡(占所有癌症死亡人数的4.5%),5年生
存率低于5%。在美国,癌症患者中胰腺癌已成为第三大
死亡原因
[2]
。近年来发展中国家人们生活方式的改变,
比如吸烟比例提高、高热量食物摄入增多、体育锻炼缺
乏等,导致胰腺癌死亡率逐渐上升
[3]
。
胰腺癌起病隐匿,早期诊断困难,进展迅速,大多
数患者在确诊时已丧失治疗的最佳时机;同时,胰腺癌
手术切除率较低,并且对常规放射治疗和化学治疗不敏
感,故预后极差
[1]
。胰腺癌具有快速增殖能力和高度侵
袭转移倾向,发病机制复杂,目前尚缺乏有效的系统治
疗手段。高通量测序技术和系统生物学的不断发展,有
助于更好地了解胰腺癌潜在的分子机制,寻找新的分子
靶标和靶向疗法,从而延长患者的生存时间。
随着生命科学和计算机科学的迅猛发展,以计算机
为工具对生物信息进行储存、检索和分析的生物信息科
学,成为分析基因组学和蛋白质组学的一种重要方法。
本研究旨在通过生物信息学的分析方法,筛选与胰腺癌
发生和发展相关的核心基因与通路,探究核心基因对胰
腺癌患者预后的影响,以期为胰腺癌患者的精准治疗提
供新的干预靶点。
1.3DEGs的富集分析
在基因功能注释在线工具DAVID(Databasefor
Annotation,VisualizationandIntegratedDiscovery)中,
根据基因本体(GeneOntology,GO)数据库和京都基因
与基因组百科全书(KyotoEncyclopediaofGenesand
Genomes,KEGG)通路数据库对差异表达显著的基因进
行生物学富集分析。在RStudio软件中,以P<0.05为入选
标准对富集结果进行筛选,利用ggplot2数据包对富集分
析的结果进行可视化处理。
1.4蛋白质-蛋白质相互作用网络的构建
通过交互基因检索工具STRING(SearchToolforthe
RetrievalofInteractingGenes)对差异表达显著的基因在
线绘制蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein
interaction,PPI)网络,以结合分数>0.4为阈值条件。在
Cytoscape软件中对PPI网络进行可视化处理,使用
CytoHubba网络分析插件筛选PPI网络的核心基因。
1.5核心基因表达水平的生存分析和病理阶段分析
基因表达谱分析数据库GEPIA(GeneExpression
ProfilingInteractiveAnalysis)纳入了179例胰腺癌患者的
临床和病理信息以及基因表达数据,验证5个核心基因在
179例胰腺癌组织和171例正常组织中的表达差异;利用
基因表达水平中位数将患者分为基因高表达组(89例)
和基因低表达组(89例),并绘制Kaplan-Meier生存曲
线,采用Log-rank检验进行生存分析,探究核心基因表
达水平的高低与患者总生存期(overallsurvival,OS)和
无病生存期(diseasefreesurvival,DFS)的关联;通过
GEPIA在线分析和单因素方差分析对不同病理阶段的基
因表达水平进行可视化处理及统计分析。P<0.05表示差
异有统计学意义。
1
1.1
材料与方法
基因芯片数据来源
利用美国国立生物技术信息中心(NationalCenter
forBiotechnologyInformation,NCBI)平台下的GEO
(GeneExpressionOmnibus)数据库检索含有人源胰腺癌
及癌旁组织样本的芯片数据集GSE28735。该数据集共包
含90例组织样本数据,其中45例为癌组织,45例为癌旁
正常组织。
1.2差异表达基因的筛选
通过GEO2R在线分析工具提取癌组织及癌旁组织的
基因。为了提高筛选效率,首先利用RStudio软件,以P
值大小为参考标准,筛选出差异表达最显著的250个基
因;然后通过RStudio软件的limma数据包进一步筛选胰
腺癌组织样本和癌旁正常组织样本的差异表达基因
(differentiallyexpressedgenes,DEGs),筛选标准为P<
0.05且|log
2
FC|>1[FC为差异倍数(foldchange)]。利用
pheatmap、ggplot2数据包对其进行可视化处理。
2
2.1
结果
DEGs的筛选
为了提高筛选效率,我们将GEO2R在线分析结果根
据P值大小升序排列,选取其中的前250个基因。在R语
言limma包中设置差异基因筛选条件为P<0.05且|log
2
FC|>
1,共得到131个DEGs,其中与癌旁正常组织相比表达上
调的基因115个,表达下调的基因16个。利用R的
ggplot2和pheatmap数据包分别对前250个基因和筛选出
来的131个DEGs进行可视化处理,见图1。
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生物信息学方法筛选胰腺癌进展相关的核心基因
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Note:otsrepresentsignificantlydown-regulatedgenesinpancreaticcancer;reddotsrepresentsignificantlyup-regulatedgenesin
pancreaticcancer;blackdotsrepresentnosignificantdifferenceine
boxrepresentssignificantlydown-regulatedgenesinpancreaticcancer;redboxrepresentssignificantlyup-regulatedgenesinpancreaticcancer.
图1胰腺癌组织及癌旁组织中DEGs的可视化分析
Fig1VisualanalysisoftheDEGsinpancreaticcancerandadjacenttissues
2.2DEGs的富集分析结果
对筛选得到的DEGs进行GO功能富集分析和KEGG
酶(phosphatidylinositol3-kinase,PI3K)/蛋白激酶B
(proteinkinaseB,AKT)信号通路。对DEGs的富集结果
进行可视化处理,见图2。通路富集分析。结果表明DEGs主要在细胞黏附、质膜、
蛋白质结合中富集;主要富集的通路为磷脂酰肌醇3-激
Note:thwayofDEG
enrichment.
图2DEGs的GO功能富集和KEGG通路富集分析
Fig2EnrichmentanalysisofGOfunctionandKEGGpathwayofDEGs
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2.3
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PPI的构建与核心基因的筛选
利用STRING在线分析DEGs对应蛋白的PPI网络,
(fibronectin1,FN1)、间质表皮转化因子(mesenchymal
toepithelialtransitionfactor,MET)、层粘连蛋白β3
(polyclonalantibodytolamininβ3,LAMB3)、层粘连蛋
白α3(lamininsubunitα3,LAMA3)、整合素亚单位α3
(integrinsubunitα3,ITGA3)。其生物学功能及节点度值
(degree)具体见表1。
通过Cytoscape软件进行整合后构建PPI的可视化结果,
获得DEGs对应蛋白的PPI网络(图3)。通过使用
CytoHubba网络分析插件筛选PPI中相互作用程度最高的
前5个DEGs的对应蛋白,分别为纤维连接蛋白
图3DEGs对应蛋白的PPI网络图
Fig3PPInetworkdiagramofDEGscorrespondingproteins
2.4DEGs表达水平与患者生存及肿瘤分期的关系
利用GEPIA在线工具分析5个DEGs在胰腺癌患者癌
(P=0.000,HR=2.1)、LAMB3(P=0.002,HR=1.9)和
ITGA3(P=0.007,HR=1.8)的表达水平与胰腺癌患者OS
有关,且基因低表达组(n=89)的预后明显优于基因高
表达组(n=89);而FN1(P=0.160,HR=1.3)的表达水
平与胰腺癌患者的OS无关联(图5A‒E)。DEGs表达水
平与胰腺癌患者DFS的关联分析显示,MET(P=0.000,
组织和癌旁正常组织样本中的表达情况,结果显示其在
癌组织中的表达水平均高于正常组织,差异均存在统计
学意义(P<0.01),见图4。
5个DEGs中,MET(P=0.000,HR=2.2)、LAMA3
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表1
Tab1
PPI网络中5个DEGs的生物学特点
BiologicalcharacteristicsofthefiveDEGsinPPInetwork
Degree
24
15
11
11
11
Biologicalcharacteristic
Involvedincelladhesion,cellmovement,woundhealingandmaintenanceofcellmorphology
Regulatingcellproliferation,dispersion,proliferationanddifferentiation
Involvedincelladhesion,migrationandinteractionwithotherextracellularmatrixcomponents;playinganimportantroleinregulatingcellmigration
andmechanicalsignaltransduction
Involvedincelladhesion,migrationandinteractionwithotherextracellularmatrixcomponents;playinganimportantroleinregulatingcellmigration
andmechanicalsignaltransduction
Involvedincelladhesion,invasionfootformationandmatrixdegradation
Gene
FN1
MET
LAMB3
LAMA3
ITGA3
Note:FN1(A),MET(B),LAMA3(C),LAMB3(D),ITGA3(E)offof|log
2
FC|is1;thedefaultcutoffof
Pvalueis0.01.
图45个DEGs在179例胰腺癌组织和171例正常组织中的表达
Fig4ExpressionofthefiveDEGsin179casesofpancreaticcancertissuesand171casesofadjacentnormaltissues
HR=2.2)、LAMB3(P=0.023,HR=1.7)和ITGA3(P=
0.000,HR=2.4)的表达水平与胰腺癌患者DFS有关(图
5G、I、J),而FN1(P=0.140,HR=1.4)和LAMA3(P=
0.067,HR=1.5)的表达水平对胰腺癌患者的DFS并无显
著影响(图5F、H)。
进一步探究DEGs表达水平与胰腺癌分期进展的关
系,结果显示在Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期胰腺癌组织中,FN1
(P=0.048)、MET(P=0.010)、LAMA3(P=0.004)和
LAMB3(P=0.000)的表达水平差异均存在统计学意义,
而ITGA3(P=0.127)在不同分期胰腺癌组织中的表达水
平差异无统计学意义(图6)。
3讨论
胰腺癌是一种遗传性或获得性致癌基因突变导致的
疾病。由于其具有起病隐匿、早期诊断困难、远处转移、
化学治疗抵抗等特点,患者在发现时往往已进展至晚期
或已失去手术治疗的机会,因此预后较差
[4]
。目前,关
于胰腺癌的发病机制尚未阐明。因此,深入了解胰腺发
生发展过程中失调的分子是改善胰腺癌患者预后的重要
途径之一。本研究基于GEO数据库,以生物信息学的方
法对癌组织和癌旁正常组织的DEGs进行分析、筛选、整
合,对胰腺癌进展的潜在机制进行挖掘。
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Note:A‒ncreaticcancerpatientswithhighFN1(A),MET(B),LAMA3(C),LAMB3(D),ITGA3(E)expressionandlowFN1(A),MET(B),LAMA3(C),LAMB3
(D),ITGA3(E)expression.F‒ancreaticcancerpatientswithhighFN1(F),MET(G),LAMA3(H),LAMB3(I),ITGA3(J)expressionandlowFN1(F),MET(G),
LAMA3(H),LAMB3(I),ITGA3(J)verepresentshighgeneexpressiongroup;—transcriptsper
kilobaseofexonmodelpermillionmappedreads.
图5Kaplan-Meier曲线分析评估5个DEGs对胰腺癌患者预后的意义
Fig5PrognosticsignificanceofthefiveDEGsforpancreaticcancerpatientsassessedviaKaplan-Meieranalysis
在GSE28735基因芯片数据集中,共筛选出115个在
胰腺癌中表达上调的基因和16个表达下调的基因。GO功
能富集分析结果提示DEGs主要在细胞黏附、质膜、蛋白
质结合中富集。KEGG通路富集主要表现在PI3K/AKT信
号通路。综合富集结果,可以推测细胞黏附功能相关基
因的高表达与胰腺癌的发生发展有关。细胞黏附分子参
与细胞的识别、活化、信号转导、增殖与分化、伸展与
移动过程,是免疫应答、炎症发生、凝血、肿瘤转移以
及创伤愈合等一系列重要生理和病理过程的分子基础
[5]
。
在肿瘤细胞中经常观察到细胞黏附状态改变直接促进了
癌症的发展
[6]
。Bergmann等
[7]
在一项包含胰腺癌前病
变、原发胰腺导管腺癌以及胰腺癌肝转移组织的大样本
队列试验中发现,原发胰腺导管腺癌中L1细胞黏附分子
的免疫组织化学阳性率达92.7%,淋巴结转移率达
80.0%,肝转移率达100%,提示L1细胞黏附分子的表达
与胰腺癌的恶性生物学行为密切相关。另有研究
[8]
表
明,L1细胞黏附分子可以通过转化生长因子β1
(transforminggrowthfactorβ1,TGF-β1)等途径在胰腺
癌的侵袭转移中起作用。由此可见,细胞黏附分子在胰
腺癌组织与正常组织中的表达水平存在差异,且细胞黏
附分子与胰腺癌的发生发展及转移有关。
PI3K/AKT信号通路主要调控细胞的增殖、分化、凋
亡以及迁移等
[9]
。该通路活性异常不仅能导致细胞恶性
转化,而且与肿瘤细胞的迁移、黏附、肿瘤血管生成以
及细胞外基质的降解等相关
[10]
。已有研究
[11]
表明,
PI3K/AKT信号通路在胰腺癌发生发展中占有重要地位。
通过研究阻断PI3K/AKT通路产生的信号转导作用的分子
机制可以为新型抗肿瘤药物开发提供新靶点和新思路,
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Note:AnalysisofFN1(A),MET(B),LAMA3(C),LAMB3(D),andITGA3(E)geneexpressioninstageⅠ,Ⅱ,Ⅲ,andⅣpancreaticcancer.
图65个DEGs在不同病理分期胰腺癌中的表达
Fig6ExpressionofthefiveDEGsinpancreaticcarcinomawithdifferentpathologicalstages
进而增强化学治疗药物对胰腺癌的敏感性,使特异性抗
癌新药的研发成为可能
[12]
。本研究KEGG富集结果发现
PI3K/AKT信号通路参与胰腺癌的发生发展过程,该结果
为寻找胰腺癌新的治疗靶点提供了方向。
通过构建PPI网络,探究DEGs表达的蛋白之间的相
互作用。运用CytoHubba插件筛选出节点度值最高的5个
DEGs。MET、LAMA3、LAMB3对患者的OS或DFS有显
著影响并且在不同病理阶段的表达水平差异有统计学意
义,推测MET、LAMA3、LAMB3可能成为胰腺癌预后评
价、诊断、靶向治疗的潜在靶标。
MET是一种原癌基因,编码肝细胞生长因子的异二
聚体跨膜受体酪氨酸激酶,可作为肝细胞生长因子
(hepatocytegrowthfactor,HGF)的受体。HGF与MET
蛋白结合可触发PI3K/AKT信号通路、丝裂原活化蛋白激
酶(mitogen-activatedproteinkinase,MAPK)信号通路、
Wnt/β-catenin信号通路和信号转导及转录激活蛋白
(signaltransducerandactivatoroftranscription,STAT)信
号通路
[13]
。这些通路的激活可以驱动与癌症有关的各种
生物学过程,例如细胞增殖、迁移、侵袭、凋亡抑制、
上皮向间充质转化以及血管生成等
[13-14]
。据报道,在人
类几种恶性肿瘤中均发现了MET蛋白的失调和扩增,其
中包括胃癌
[15]
、结直肠癌
[16]
、乳腺癌
[17]
和非小细胞肺
癌
[18]
。已有研究
[19]
证实受体酪氨酸激酶c-Met与胰腺癌
的发病机制之间存在关联。Neuzillet等
[20]
研究表明,胰
腺癌组织中c-Met表达的增加伴随着复发率的提高和生存
时间的缩短。有文献
[21]
表明,MET可通过激活PI3K/
AKT信号通路来介导癌症的发展。这与我们分析得到的
结果一致。
LAMA3和LAMB3属于层粘连蛋白家族,是常见的基
底膜蛋白家族之一
[22]
。其广泛参与许多生物过程,例如
附着、迁移以及与其他细胞外基质成分的相互作用,并
且在调节细胞迁移和机械信号转导中起着重要作用
[22-24]
。
研究
[25]
发现,LAMA3的表达水平与胃癌的发生有关,
其高表达可以抑制胃癌的发生。Svoboda等
[26]
发现
LAMA3基因在肝癌组织中表达水平较癌旁正常组织上调。
同样,LAMB3的高表达在甲状腺乳头状癌、肝细胞癌的
发生和发展中起着重要作用
[27-29]
。也有研究
[30]
表明
LAMB3
在
胰腺癌中异常过表达,并且与胰腺癌患者的OS
密切相关。Zhang等
[31]
还发现,LAMB3可能通过PI3K/
AKT信号转导途径介导胰腺导管腺癌的侵袭和迁移。本
研究发现胰腺癌组织中LAMA3、LAMB3的表达水平与正
常胰腺组织相比明显升高,且LAMA3、LAMB3高表达组
患者预后较差,其在胰腺癌不同病理阶段的表达水平的
差异也存在统计学意义,提示这2个基因可能在胰腺癌进
展中发挥重要的作用。
综上所述,本研究利用数据库分析获得5个在胰腺癌
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组织异常表达的DEGs,其可能通过PI3K/AKT信号通路
介导胰腺癌的进展。其中MET
、
LAMA3和LAMB3的表达
升高与患者的不良预后有关。然而,目前对MET、
LAMA3、LAMB3的上下游调控关系及蛋白之间的相互作
用关系尚不明晰,其作为胰腺癌预后评判和分子治疗靶
标的价值仍有待于进一步研究。
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[本文编辑]崔黎明
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[收稿日期]2020-06-10
JOURNALOFSHANGHAIJIAOTONGUNIVERSITY(MEDICALSCIENCE)
Vol.41No.5May2021
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