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2024年5月1日发(作者：matlab如何重新安装)

北京博莱明创生物技术有限公司

EST分析手册

第一部分：EST分析流程的介绍

EST Analysis Flow

Sequencing

base-

calling

phred

Raw ESTs

Data

masking vector,

repeats

Clean ESTs

Data

sequence,

etc

b

l

y

e

m

s

s

,

A

r

i

n

g

e

t

s

C

l

u

Expression

Profile Analysis

Signal

Peptide

ORF

Finding

Unigenes

Transmembrane

Functional AnnotationFunctional Classification

NTNR

Swiss

-Prot

KEGG

COGInterproGO

上面的流程图为我们进行EST分析的流程图，下面我们对流程进行一下介绍，后面的第二部

分为分析结果的介绍：

注：上面的流程图为关于EST相关分析的一个介绍，我们会根据项目的不同，做一些调整，

有些分析可能不能做，也做不到。有些分析需要的计算资源很大，如Interpro&GO分析，需

要很长的时间，我们一般在一个文库全部完成后才进行分析，或用其他分析代替。

1．测序

EST数据可以从5’和3’两个方向进行测序，可以根据不同的实验目的选择测序方向。

mRNA

AAAAA

AUG

ExonIntron

UTR

5’端测序

测序方向的选择

3’端测序

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不同方向测序的优点：

5’端测序：更有利于得到全长的cDNA序列，有助于研究基因表达的多样性。

3’端测序：有助于得到基因的特异性区域，为STS、SAGE、Microarray提供序列资源。

2．EST数据预处理过程

(1)Basecalling将序列的峰图从测序仪中提取出来。常见的峰图文件有SCF和AB1格式,

可以在windows用Chromas下打开

Chromas在windows下打开峰图文件

(2)将峰图文件转化成phd,fasta文件，并去除序列中的低质量区域。

A．峰图文件转化成phd文件，并去除序列中的低质量区域。

B．将phd文件转化成fasta文件。

(3)屏蔽序列中的载体序列

软件：cross_match

(4)去除嵌合（chimeric）的克隆序列

软件：perlchimeric_–s序列文件–q质量文件–ns新的序列文件–nq新

的质量文件

说明：嵌合（chimeric）的克隆是在文库构建过程的反应中产生的，其序列特征表现为，序

列的中间有很长的polyA序列，或载体序列，其形式如下：

>Back-to-backpoly(A)+tails

AAAGCTGGAGCTCACCGCGGTGGCGGCCGCTCTAGAACTAGTGGATCCCCCGGGCTGCAGGAATTCGAATTCGAAT


本文标签： 序列 分析 测序 文件 进行

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