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2024年5月1日发(作者：datax与kettle优劣对比)
一步一步教你使用NCBI数据库资源
随着ncbi数据库各种资源的涌现，NCBI已经成为科研工作者必不可少的资料查找，
数据分析的工具。那么NCBI数据如何使用，新手入门一步一步教你认识和使用NCBI数
据库。
一 综合数据库
NCBI数据库集 美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology
Information)，即我们所熟知的NCBI是由美国国立卫生研究院(NIH)于1988年创办。创
办NCBI的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统。除了建有
GenBank核酸序列数据库(该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库，其中包括日本
DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构)之
外，NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。目前，NCBI提供的资源有
Entrez、Entrez Programming Utilities、My NCBI、PubMed、PubMed Central、Entrez
Gene、NCBI Taxonomy Browser、BLAST、BLAST Link (BLink)、Electronic PCR等共
计36种功能，而且都可以在NCBI的主页上找到相应链接，其中
多半是由BLAST功能发展而来的。
1 NCBI最新进展
1.1 PubMed搜索功能的增强
去年，NCBI对PubMed进行了几项改进工作，改动最大的是搜索界面和摘要浏览界
面。其中，搜索界面中新增了“Advanced Search”选项(这实际上是对以往“Limits”和
“Preview/Index”功能的整合)，并且增加了一个新的窗口，用户可以在此窗口下通过“论
文作者名”、“论文所属杂志名称”、“论文出版日期”等限定条件进行搜索。而且，“论文作
者名”和“论文所属杂志名称”还设有文本框自动填充功能。现在，在PubMed数据库中
进行文本搜索的同时还可以立即通过两个“内容传感器(content sensors)”进行分析。一
个“内容传感器”是根据作者姓名、所属杂志名称或杂志名缩写、出版日期、卷号或刊号
等信息进行分析，然后将符合条件的搜索结果排列到结果列表的顶端。另一个“内容传感
器”是根据文章是否与用户给出的条件，例如是否与某种药物相关，在NCBI的新增数据
库PubMed Clinical Q&A中进行搜索，然后给出搜索结果。
1.2 新增primer-BLAST分析工具
2008年，NCBI新增了设计、分析PCR引物的工具——Primer-BLAST。Primer-BLAST
的引物设计功能是基于NCBI现有的Primer3程序发展而来的，Primer3程序可以为一段
DNA模板序列设计PCR引物。Primer-BLAST在设计出引物之后还在某些相应数据库中
进行BLAST搜索，因此可以得到特异性引物，扩增出目的片段。用户在给出DNA模板的
同时还可以限定正向引物或反向引物，这样，NCBI就只会给出另一条引物。如果用户给出
了模板DNA和两条引物序列，Primer-BLAST就只会运行BLAST程序，帮助用户对引物
进行分析。用户也可以只给出两条引物而不给出模板序列，这时Primer-BLAST会通过
BLAST程序分析出与这对引物最匹配的模板序列。Primer-BLAST进行BLAST搜索的数据
库包括RefSeq mRNA、BLAST nr和12种模式生物基因组数据库。
1.3 BLAST的改进及更新
NCBI对BLAST进行了全新的改版，推出了最新的web BLAST report。在最新的
BLAST比对结果页面中，“图形化概要(Graphic Summary)”、“具体描述(Descriptions)”
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