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2024年4月15日发(作者：galleryview百度翻译)
COG功能注释
使用
BLASTP
（
BLASTVersion2.2.28+
，
/
）将基因集序列
与
eggNOG
数据库进行比对（
BLAST
比对参数设置期望值
e-value
为
1e-5
），获得基因对应的
COG
（
Clustersoforthologousgroupsofproteins
，直系同源序列聚类），然后使用
COG
对应的基因丰度
总和计算该
COG
的丰度。
eggNOG(evolutionarygenealogyofgenes:Non-supervisedOrthologousGroups
，
/)
数据库
:
是国际上普遍认可的同源聚类基因群的专业注释数据库，包括来
自原始
COG/KOG
的功能分类，以及基于分类学的功能注释。目前该数据库（
v4.0
）包含
170
万
个直系同源类群，覆盖了
3686
个物种，给定了
107
个不同的分类级别的同源群。
结果目录：
Annotation_COG/
：
blastm8
格式的
eggNOG
数据库比对结果：
Table7.4ResultsofblastagainsteggNOG
QuerySubjectIdentity
(%)
Align
length
Mismatche
s
GapsQuery
start
Query
end
Subject
start
Subjec
tend
E-valueBit
score
注：
Query
：查询序列名；
Subject
：目标序列名；
Identity(%)
：比对一致度；
Alignlength
：比对
区域的长度；
Mismatches
：错配数；
Gaps
：
gap
数；
Querystart
：查询序列比对起始点；
Queryend
：
查询序列比对终止点；
Subjectstart
：目标序列比对起始点；
Subjectend
：目标序列比对终止点；
E-value
：比对期望值；
Bitscore
：比对得分。
：每条基因的
eggNOG
功能注释信息表：
Table7.5eggNOGfunctionannotation
SequenceNOGFunctionFunctiondescriptionCategory
注：Sequence：基因序列名称；NOG：基因注释到的NOG编号；Function：NOG编号所对应的
功能代码；Functiondescription：功能代码的描述信息；Category：功能代码所属的功能大类。
：
：
NOGprofile
（
NOG
在各个样品中的丰度表）
Table7.6NOGprofile
MJ1
NOG1
NOG2
NOG3
MJ2MJ3MJ4MJ5Description
注：第一列是NOG编号，倒数第一列是NOG编号的描述信息，其它各列的数值为NOG编号
在各个样品中的丰度值。
：functionprofile（功能代码在各个样品中的丰度表）：
Table7.7Functionprofile
MJ1
A
B
C
MJ2MJ3MJ4MJ5Description
RNAprocessingandmodification
Chromatinstructureanddynamics
Energyproductionandconversion
注：第一列是
eggNOG
数据库的功能代码，倒数第一列是功能代码的描述信息，其它各列的数
值为功能代码在各个样品中的丰度值。
bar.*.
：
COG
功能分类统计图，
*
代表样品名称：
Fig7.3COGfunctionclassification
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