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2024年4月15日发(作者：pyqt gui)
GO,KEGG, Interproscan, COG的相关知识
NR库作为NCBI主要数据库之一其库容较大，通常情况下能够注释到的基因较多，但
同时其中未验证的信息过多，且很多基因功能描述模糊，很多时候会影响到基因功能的具
体辨识，因此需要结合其他数据注释结果进行确定。另外，NR库因为在建立之初就包含
有物种概念，因此其注释结果中均含有基因的物种来源信息，通过该类信息能够在某种程
度上确定所测菌株的物种归属。
GO数据库：
注释来源于Interpro数据库中的quick GO数据库，因此，该数据库结果产出会包含
与Interpro数据库注释的信息，以结尾。Quick GO数据库注释的结
果以结尾，因为GO数据库三大类之间互有重叠，所以对于同时注释上多个
GO分类的基因，可以通过不同大类间的信息来确定其功能。
KEGG数据库：
最优的地方在于拥有描绘已知通路的代谢通路图。其应用举例如下：比如我们关注丙
氨酸代谢通路相关基因，这时我们可以通过关键字在x. 中寻找含有丙氨酸
(Alanine)的注释结果。
Interproscan ：
是EBI开发的一个继承了蛋白质结构域和功能位点的数据库，其中吧
SWISS-PROT,TrEMBL,PROTSITE,PRINTS,PFAM,ProDom等数据库提供的蛋白序列中的
各种局与模式，如结构，motif等信息统一起来，提供了一个较为全面的分析工
具。 Swiss-Prot较其他库的优点在于其结果通过了人工验证，可信度较高。
COG:
即Clusters of Orthologous Groups of proteins。构成每个COG的蛋白都是被假定
为来自于一个祖先蛋白，并且因此或者是orthologs或是paralogs。Orthologs是指来自
于不同物种的由垂直家系（物种形成）进化而来的蛋白，并且典型的保留与原始蛋白有相
同的功能。Paralogs是那些在一定物种中的来源于基因复制的蛋白，可能会进化出新的与
原来有关的功能。请参考文献获得更多的信息。通过观看其主页和说明文档，可以理解为
COG是NCBI的数据库。COG的中文释义即“同源蛋白簇”。COG分为两类，一类是原
核生物的，另一类是真核生物。原核生物的一般称为COG数据库；真核生物的一般称为
KOG数据库。
COG注释作用：1. 通过已知蛋白对未知序列进行功能注释； 2. 通过查看指定的COG
编号对应的protein数目，存在及缺失，从而能推导特定的代谢途径是否存在； 3. 每个
COG编号是一类蛋白，将query序列和比对上的COG编号的proteins进行多序列比对，
能确定保守位点，分析其进化关系。在具有功能分类的主要数据库(KEGG，GO，COG)中，
cog分类的详细程度仅次于KEGG，这将更方便我们确定某个基因的功能。
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