admin 管理员组文章数量: 1086019
2024年3月21日发(作者：源码脚本之家)
miRNA研究中常用的软件和数据库资源
以下是常用的microRNA靶标数据库和软件资源列表，希望对microRNA的研究者
有所帮助。
（1） miRbase：众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供
了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。 网址：
/
（2） starBase：一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP）和mRNA
降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库，整合和构建多个流行的靶标预测软件的交
集和调控关系。网址：/
（3） Tarbase：一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。网址：
/tarbase/
（4） miRecords：一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的
调控关系。网址：/
（5） targetScan: 基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA
靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel
实验室开发的。网址/
（6） PicTar：基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物
的microRNA靶基因的软件，假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室
开发的。该文章位列miRNA相关文章引用Top5。网址：/
（7） PITA：基于靶位点的可接性（target-site accessibility）和自由能预测
microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。网址：
/pubs/mir07/mir07_
（8） RNA22：基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA
靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。网址：
/
（9） miRanda和：是著名的Memorial Sloan-Kettering 癌症研
究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。网址：
（10） MicroCosm：EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。
网址：
（11） miRTarBase：整合实验证实的microRNA靶标的数据库。网址：
（12） miRGator v2.0：整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。
网址：<:8080/MEXWebApp/>
（13） MiRNAMap:动物的microRNA基因及其靶标的数据库。网址：
版权声明：本文标题：miRNA研究中常用的软件和数据库资源 内容由网友自发贡献，该文观点仅代表作者本人， 转载请联系作者并注明出处：http://roclinux.cn/b/1711030637a584947.html， 本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌抄袭侵权/违法违规的内容，一经查实，本站将立刻删除。
发表评论