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2024年3月13日发(作者：数字推盘别称)
Pdb格式详解
PDB格式是包含原子坐标文件的标准。PDB格式包含线性信息在一个文本文件里。文
件中每一行的信息叫做一个“记录”。一个文件通常包含几个不同类型的records，并
且按照特定的顺序排列来描述一个结构。
下表描述了选择性的记录的类型。旧的PDB格式或许没有完全加入到新的格式规格。
从大多数使用者的力场出发，旧文件和新文件最大的不同在ATOM和HETATM的温度
记录类型
ATOM (原子) 原子坐标record包含x,y,z正交的埃米坐标表示原子在标准
残基的位置（氨基酸&核酸）
HETATM 原子坐标记录包含x,y,z正交的埃米坐标表示原子在非
(非标准基团原子坐标) 标准残基的位置。非标准残基包括：抑制剂，辅助因子，
离子和溶剂。唯一与ATOM不同的功能是HETATM残基错
误而不影响其他残基。需要注意的是“水残基”应该放在
HETATM 记录中。
TER（端点） 指明链末端的残基。例如，一个血红蛋白分子包含四个互不
关联的亚基链，TER指出了链末端并且阻止了到另一条链
的联系展示。
SSBOND(二硫键) 定义二硫键连接两个半胱氨酸残基。
HELIX(螺旋) 指明螺旋的位置和类型。每个螺旋一个记录。
SHEET(表) 指明位置、感观（非平行等）和登记关于前一组分在表中
模型的每一个组分。每个组份一个记录
因素。此外，一些空白的区域，就如同，当一个原子没有转变位置时转变后位置的指
标。
Pdb格式
记录类型
原子坐标
ATOM
列 数据
原子
原子连续数
原子名字
转变位置指示剂
残基名字
链标识符
残基序列数目
编码插入残基
X坐标
Y坐标
Z坐标
占有
温度因素
段标识
元素标识
电荷
正当
左
右
左
右
右
右
右
右
右
左
数据类型
1-4
7-11
13-16
17
18-20
22
23-26
27
31-38
39-46
47-54
55-60
61-66
73-76
77-78
79-80
字符
整型
字符
字符
字符
字符
整型
字符
浮点
浮点
浮点
浮点
浮点
字符
字符
字符
非标准原
子坐标
HETATM
端点
TER
1-6
7-80
1-3
7-11
18-20
22
23-26
27
非标准原子
和ATOM相同
端点
连续数目
残基数目
链标识符
残基序列数目
编码插入残基
字符
整型
字符
字符
整型
字符
二硫键
SSBOND
1-6
8-10
12-14
16
18-21
22
26-28
30
32-35
36
60-65
67-72
1-5
8-10
12-14
16-18
20
22-25
26
28-30
32
34-37
38
39-40
41-70
72-76
1-5
8-10
12-14
15-16
18-20
22
23-26
27
29-31
33
二硫键
连续数目
残基名字（半胱氨酸）
链标识符
残基序列数目
残基名字（半胱氨酸）
链标识符
残继序列数目
编码插入残基
对第一个残基的对称操作
对第二个残基的对称操作
字符
整型
字符
字符
整型
字符
字符
字符
整型
字符
整型
整型
螺旋
HELIX
螺旋
螺旋连续数目
螺旋标识符
第一个残基的名字
链标识符
残基序列数目
编码插入的残基
端点残基名
链标识符
残基序列数目
编码插入的残基
螺旋的类型
评价
螺旋的长度
表
组分数目（在当前表）
表标识符
组分数目（在当前表）
最初残基名字
链标识符
残基序列数目
编码插入残基
端点残基名
链标识符
字符
整型
字符
字符
字符
整型
字符
字符
字符
整型
字符
整型
字符
整型
表
SHEET
字符
整型
字符
整型
字符
字符
整型
字符
字符
字符
34-37
38
39-40
42-45
46-48
50
51-54
55
57-60
61-63
65
66-69
70
残基序列数目
编码插入的残基
组分的感观关于前一组分
以下区域定义两个原子，当有氢键存在
时，第一个原子在当前组分，第二个原
子在前一组分。这些区域应在组分1中
为空白。
原子名字（与ATOM记录一致）
残基名字
链标识符
残疾序列数目
编码插入残基
原子名字（与ATOM记录一致）
残基名字
链标识符
残基序列数目
编码插入残基
整型
字符
整型
字符
字符
字符
整型
字符
字符
字符
字符
整型
字符
注：平行标识为1，不平行标识为-1，组分1被标识为0.
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